Đầu năm 1940 ông tham gia vào đơn vị vũ trang đầu tiên của Giáo phái Cao Đài, với danh xưng Chi đội 78 (tiền thân của Quân đội Cao Đài). Sau đó ông được gửi đi huấn luyện quân sự tại trường Nội ứng Nghĩa đinh ở Cái Vồn.[5] Tốt nghiệp ông trở về đơn vị và trở thành một cán bộ chỉ huy.[6]

Khi Chiến tranh thế giới thứ hai bùng nổ, Nhật tiến vào Đông Dương. Phản ứng trước tình hình phong trào chống Pháp càng ngày càng gia tăng, toàn quyền Đông Dương là Đô đốc Decoux hành động quyết liệt. Ông ta cho đóng cửa một số nơi thờ tự của Cao Đài, rồi tới ngày 26 tháng 8 năm 1940 cho đóng cửa Tòa Thánh Tây Ninh. Tới ngày 27 tháng 7 năm 1941, nhiều lãnh đạo của Cao Đài, kể cả Hộ pháp Phạm Công Tắc bị bắt giữ. Để giành được sự ủng hộ của các tổ chức Việt Nam theo chủ nghĩa quốc gia, phát xít Nhật tiến hành bắt liên lạc và hỗ trợ cho họ, trong đó có Cao Đài. Tới tháng 2 năm 1943, Nhật giúp vị Phối sư Cao Đài là Thượng Vinh Thanh (thế danh Trần Quang Vinh) mở lại Thánh thất Cao Đài tại Sài Gòn. Để đáp lại, Cao Đài hợp tác tích cực với Nhật, Phối sư Thượng Vinh Thanh kêu gọi giáo dân Cao Đài xung phong đăng lính cho quân Nhật, 10.000 giáo dân Cao Đài làm việc cho Nhật, đáng kể nhất là tại xưởng đóng tàu Nitian. Số người này sau giờ làm việc được huấn luyện quân sự.

Năm 1944 ông được du học lớp huấn luyện quân sự tại Cao Miên và Lào trong trường sĩ quan của Hiến binh Nhật (Kempetai). Khi trở về nước ông trở thành một sĩ quan của Giáo phái Cao Đài. Ngày 9 tháng 3 năm 1945, cùng với Lực lượng Quân sự Cao Đài, ông tham gia cuộc đảo chính Pháp của Quân đội Nhật Bản.

Được sự bảo trợ của Nhật, Phối sư Thượng Vinh Thanh (Trần Quang Vinh) tổ chức lực lượng vũ trang gồm 3.000 người, tiếng là theo chỉ thị của Hoàng thân Cường Để. Ngày 9 tháng 3 năm 1945, lực lượng Cao Đài mặc đồng phục trắng, đội mũ bê-rê, vũ trang bằng gậy tre vót nhọn tham gia hỗ trợ Nhật đảo chính Pháp. Thủ lĩnh quân sự của Cao Đài là tướng Nguyễn Văn Thành tuyên bố Hoàng thân Cường Để chỉ thị thành lập lực lượng vũ trang Cao Đài liên minh với Nhật Bản để chống Pháp. Không có tài liệu cho biết cụ thể hoạt động của Trình Minh Thế trong thời gian này, nhưng có thể cho rằng thời kỳ này Trình Minh Thế đã gia nhập lực lượng vũ trang Cao Đài và tích cực hợp tác với Nhật.

Tháng 9 năm 1945 Quân đội Nhật tại Đông Dương đầu hàng Đồng Minh, ông cùng với đoàn quân Chi đội 78 rút vào chiến khu Cao Đài Kháng chiến chống Pháp, sau khi Pháp tái chiếm Nam Kỳ.

Ngày 7 tháng 11 năm 1946, ông rời chiến khu trở về Tòa thánh Tây Ninh, đồng thời được phong cấp Đại tá. Cùng với Lực lượng Vũ trang Cao Đài, ông bắt tay hòa hoãn với Pháp và nhanh chóng thăng tiến. Năm 1947 cùng với một số chiến sĩ Cao Đài thành lập Đội Du kích. Sau đó ông trở thành Chỉ huy trưởng Du kích Bến Cầu (Tây Ninh) kiêm trưởng phòng Tác chiến khu vực. Kế tiếp trở thành Tổng Chỉ huy khu vực Liên tỉnh Miền Đông.

Tháng 1 năm 1948 ông cùng đơn vị thuộc quyền tuyên bố ly khai khỏi Quân đội Cao Đài,[7] nhưng sau 48 tiếng quay trở lại. Sau đó, ông sáng kiến thành lập đội quân xung kích Hắc y (cải biến từ đơn vị do ông chỉ huy), mặc quần áo bà ba đen, về sau trở thành đồng phục cho tất cả dân quân của Lực lượng Liên Minh.[8] Đầu năm 1949 ông triệu tập lãnh tụ Cao Đài các tỉnh miền Đông, tổ chức Đại hội để ủng hộ Giáo chủ Phạm Công Tắc, đồng thời đưa toàn bộ lực lượng này về Tây Ninh (tuy nhiên, "tính cách" của ông cũng khiến cho ông có nhiều kẻ thù trong Quân đội Cao Đài, và dính dáng nhiều đến các âm mưu, tranh giành tại Tòa thánh Tây Ninh). Tháng 9 cùng năm, ông di chuyển lực lượng bản bộ ra khỏi ngoại ô Tây Ninh. Cuối năm này, ông được giữ chức vụ Chủ tịch Ủy ban Chỉ đạo Việt Nam Phục quốc Hội.

Thượng tuần tháng 6 năm 1951, ông được cử làm Tham mưu trưởng Quân đội Cao Đài, thay thế Thiếu tướng Nguyễn Thành Phương. Nhưng chỉ hơn 24 tiếng sau, nửa đêm về sáng ngày 7 tháng 6, ông bí mật đem khoảng hơn 1.500 quân bản bộ ly khai khỏi Cao Đài Phục quốc, vượt sông Vàm Cỏ Đông đến rừng Bưng Rồ để lập Tổng hành dinh tạm, về sau di chuyển xuống hướng nam trong rừng Bưng Rồ dọc theo biên giới Việt-Miên và lập chiến khu Bù Lu. Ngày 8 tháng 6 cùng năm, ông được thăng cấp Thiếu tướng Cao Đài tại chiến khu do Trung tướng Nguyễn Văn Thành, Tổng tư lệnh Quân đội Cao Đài, đại diện cho Hộ pháp Phạm Công Tắc, gắn sao giữa đêm khuya. Nhưng ngay sau đó, ông cùng đội quân của mình chính thức rời khỏi hàng ngũ giáo phẩm Cao Đài và thành lập lực lượng riêng, lấy tên là Liên Minh với chủ trương chống cả Pháp và Việt Minh.[9]

Trên thực tế, hoạt động chống Việt Minh của Trình Minh Thế có hiệu quả đáng ngờ. Chẳng hạn ngày 17 tháng 2 năm 1950, Trình Minh Thế cung cấp cho lực lượng Việt Minh tại Trảng Bàng vũ khí để tấn công một đoàn xe của Pháp, ông cũng gửi đại diện đến các cuộc họp của Việt Minh tại Long Thành ngày 30 tháng 4 và Đồng Tháp Mười ngày 14 tháng 6 năm 1950,[10] ngoài ra Trình Minh Thế còn lớn tiếng công kích Pháp. Các vụ đụng độ giữa quân Liên Minh và Việt Minh chỉ gây ra những tổn thất nhỏ, phần nhiều giới hạn trong việc giành giật lương thực, ngũ cốc của hai phe. Một lý do được nêu ra, có thể là do lực lượng của Trình Minh Thế chỉ có giới hạn, chừng 2 tới 3 ngàn người, không phải là đối thủ của Việt Minh. Dù sao, hoạt động của Trình Minh Thế cũng giúp cho Tòa Thánh Tây Ninh tránh được các cuộc tấn công của lực lượng Việt Minh.[11]

Tháng 8 năm 1953, quân Pháp mở cuộc tấn công vào căn cứ của ông, sử dụng một Tiểu đoàn sơn cước Nùng tinh nhuệ. Quân Liên Minh phải tránh vào các hang động ở núi Bà Đen. Về sau ông phải dời Bộ chỉ huy về núi Heo. Tới năm 1954, Liên Minh đã mở rộng địa bàn hoạt động về phía tây-nam, tới tận sông Cửu Long. Lực lượng của họ được chia làm nhiều Tiểu đoàn, quân số có lẽ vào khoảng 2.500 người.[12]